合併における支配関係について

企業や公益法人が合併をして、組織再編成を行うことがあります。
その際、合併に関わる法人間で支配関係があるかどうかを、判定しなければなりません。
その理由は税制上、適格かどうかによって課税の取り扱いが変わってくるからです。
適格であれば、譲渡側は薄価譲渡との扱いになり、含み益があっても課税は受けません。
この適格に該当するための要件はいくつかあり、前提として支配関係があるかどうかの判定をしなければならないのです。
判定は、合併した企業や公益法人のどちらが株主であるかを明確にし、その株主の関係性をベースにグループ分けをして判断します。
合併法人の株主に公益財団が含まれている場合も少なくありません。
その時の支配関係の判定は、他の株主がこの公益財団へ拠出していた場合の、その他の株主とその公益財団との関係性に、拠出か出資なのかがポイントになります。

公益財団が合併法人に含まれている場合の事例

ある法人が発行済株式の43.3%を甲とその親族が、0.8%をA社が、39.5%を公益財団であるB法人が、残りの16.4%を甲の親族ではない複数の個人が保有しています。
甲一族が基本財産の拠出を行って設立された公益財団は、拠出が支配関係判定の出資に該当すれば甲一族に公益財団の保有分も含まれていることになります。
甲一族によって株式の50%を超える保有があることになりますが、該当しなければ公益財団の保有分は含まれず、甲一族の保有は50%未満となるのです。
50%以下であればA社との間に支配関係はありません。
合併が適格合併となるためには、法人税法第2条第12号の8に規定する共同で事業を行うための合併に該当する必要があることになります。
公益財団の設立者が、拠出した財産に法人格を与えたものであり、持分や出資持分という観念がないため、基本財産は出資とは言えません。
そして、甲一族はB法人の出資を保有せず、甲とB法人との間には当事者間の支配の関係があることにはならないため、みなし直接支配関係があることにはならないのです。
様々な事例があり、拠出が支配関係判定の出資に該当しないこともあります。
支配関係の判定が複雑になることもあるため、公益財団が合併法人に含まれる場合は、専門家に相談することをおすすめします。